•2003年，客串演出杜琪峰、韦家辉联合执导，古天乐、郑秀文领衔主演的贺岁喜剧《百年好合》；

•2007年，担任徐克、林岭东、杜琪峰联合执导的《铁三角》之执行导演(徐克在访问中说郑只是他这部分的执行导演，与另外两位无关；而郑保瑞自己则强调，他在三位导演中间起着润滑剂的作用)；

•2007年，在杜琪峰、韦家辉联合执导的《神探》中作声音演出；

•2008年，正式加盟银河映像，开拍杜琪峰监制的新戏《暗杀》；

•郑保瑞的第三部电影《发光石头》由其和欧健儿联合编剧，而从《热血青年》起的后面一系列作品均有司徒锦源的参与。

《狗咬狗》的监制梁德森曾在其Blog上记录下这样的文字：
"时已是十一月，离拍摄的时间还有个多月，未有第一稿始终讲不过去。当中又牵涉了编剧司徒锦源的档期。事缘司徒因为杜琪峰的急召，要回巢帮手，被逼放下了我们这边的工作。这本来不是我要忧虑的问题，因为司徒是瑞大力保荐他当编剧的，责任是在瑞那边，这事似乎令他非常尴尬，因现在正是需要搏杀度稿的时候。幸好后来邹凯光加入编剧行列帮手，追回了不少时间，未至于令《狗咬狗》因剧本的仓促而失诸交臂，在此借机会感激Matt的帮忙。
因为这个问题，司徒曾经多次向我表示歉意，我虽然为此受了一点苦头，亦有人向我投诉，但我其实并没有将此事摆在心里。所谓「良禽择木而栖」，没有甚么好埋怨的。正如司徒对我解释——
「Sam，对唔住，我没有办法，一定要回去杜Sir那边帮手！」
我还挖苦他——
「不要紧，我明白的。我也希望有朝一日你回去对杜Sir解释：杜Sir，对不起，我要回Sam那边帮手！」我渴望成为一个讲道义、胸襟广阔的人。但我并不要求别人跟我的想法一样。毕竟电影圈是一个名利场、英雄地，正是利字当头，道义胸襟值不了多少钱。我这样做，只不过我感觉自得其乐吧了！至于是否因为这种性格会成为自己事业的绊脚石？我却没有刻意去改变它。反正「性格决定命运」，没有什么好改变的。"